全书分为:医经、本草、食治、养生、藏象病机、诊法、明堂经脉、伤寒、金匮、温病、临床综合、方书、内科、外科、骨伤科、妇产科、儿科、喉科、眼科、法医附兽医、医案、医话医论、丛书类书、史传书目、运气、其他,共26门,搜集载录古医籍3374种,现存2937种,辑佚52种,残阙73种,未见312种,亡佚7种,较《中国医籍考》新增2260种,涉及撰作、编撰、校勘、出版者1263人。书籍名用通用名,并标明医籍卷数和作者对书籍的工作,内容精简扼要,多采取节录的方式,书后附书名索引和著者索引,以便读者查阅。
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